그러나 20%의 보험료 자부담과 까다로운 보상절차 탓에 가입률은 만족스럽지 못한 실정으로 농민들의 가입률을 높이기 위해서는 개선해야 할 문제점이 적지 않다.
가입 대상 품목을 확대해 보험 가입이 원천적으로 불가능한 품목을 재배하는 농가가 피해를 고스란히 떠안아야 하는 형편으로 개선이 필요하다.
또 현행 20%대의 보험료 자부담률은 농가에게는 큰 부담이 되므로 정부 지원을 늘려 농가 자부담률을 10% 선으로 낮추고, 까다로운 보상 방식의 개선과 무사고 환급 제도를 도입해 농작물재해보험 가입률을 높여야 한다.