검찰은 패스21이 99년 12월18일 20만주를 유상증자하면서 금융당국에 신고하지 않았고, 12월29일 증자에서는 기존 주주가 아닌 제3자에게 주식 5만주를 발행한 사실을 확인, 두차례 증자과정에 참여한 차명주주 100여명의 신원을 추적중이다.
검찰은 또 패스21 차명주주에 국가정보원 관계자가 포함된 것으로 보이는 일부단서가 확보됨에 따라 국정원 인사가 윤씨 사업에 관여했는지를 캐고 있다.
이와관련, 검찰은 구속된 김형윤 전 국정원 경제단장 등의 윤씨 사업 연루 여부에 대한 수사도 검토중인 것으로 알려졌다.