자율형 공립고는 교육 여건이 열악한 지역 공립고의 질 높은 교육을 제공하기 위해 지정·운영되고 있다.
도내 자율형 공립고는 2011년 4개교, 2012년 3개교, 2013년 2개교가 신규 지정돼 5년간 운영한 후 그 성과를 인정받아 재지정돼 운영 중이고, 2016년 신규 지정된 1개교를 포함해 총 10개교이다.
지원금은 특색 있는 교육과정 운영, 학생 과목 선택권 확대, 교실 수업 개선, 진로 프로그램 운영, 학력 향상 등에 쓰이며, 자율고 공립고 교원의 역량 강화를 위한 연수와 컨설팅을 하고, 자율형 공립고 우수사례 공유를 위한 평가 발표회도 할 계획이다.