지방자치권을 구성하는 자치권능 가운데 자치조직권은 지역주민을 위하여 일하는 지방자치단체를 구성하는 기관 구성의 자율성과 더불어 해당 지방자치단체에 소속되어 법령과 조례에 따라 주민에게 공공서비스를 제공하는 지방공무원의 임용, 해임 등에 관한 권한을 말한다.

2000년대 초반부터 지방분권을 단계적으로 추진해 온 이웃나라 일본은 자치조직권에 관하여 어떤 논의들을 하고 있는가를 살펴보는 것도 우리나라에 시사하는 바가 클 것이다.

일본은 지방분권 실시 이전 지방자치법에서는 지방자치단체에 두는 내부조직에 대해서 일정한 제한을 두고 있었으나, 현행 지방자치법에서는 자치조직권을 널리 인정하고 있다. 즉, 현행 일본 지방자치법에서는 보통지방공공단체의 장은 그 권한에 속하는 사무를 분장시키기 위해 필요한 내부조직을 둘 수 있고 해당 보통지방자치단체의 장의 직근 하위의 내부조직 설치 및 분장하는 사무에 대해서는 조례로 정한다고 명시함으로써 지방자치단체의 장을 보조, 보좌하는 조직 구성에 있어서 자율성을 보장하고 있다.

일본 지방자치법에서는 의무설치기관으로 부단체장, 회계관리자를 두고 있으나 의무설치기관 이외의 직원의 정수는 조례로 정하도록 하되, 임용, 인사평가, 근무조건, 징계 등에 관해서는 지방공무원법에서 정하는 바에 따르도록 하고 있다(일본 지방자치법 제172조). 그리고 지방자치 등 법령에서 정한 위원회 이외에 조례로 비상근 전문위원을 둘 수 있기도 하다(일본 지방자치법 제174조).

일본 지방공무원법은 지방공공단체의 행정을 민주적이면서 능률적으로 운영하고 특정지방독립행정법인의 사무 및 사업의 실시를 보장함으로써 지방자치의 본지를 실현하는데 기여함을 목적으로 하고 있다. 일본 지방공무원법에서는 지방자치단체의 장, 지방의회의 의장 등 법령 또는 조례에 따른 임명권자는 각각 직원의 임면, 인사평가, 휴직, 면직 및 징계 등을 할 권한을 가진다고 하여 인사권이 지방자치단체의 장에게 쏠리지 않도록 하고 있다. 지방공무원을 임명할 때에는 경쟁시험을 원칙으로 하되, 예외적으로 선고(選考)라 하여 경쟁시험 이외에 능력을 검증할 수 있는 시험을 거쳐 지방공무원을 채용하기도 한다. 지방공무원에 관한 인사행정 운영현황은 매년 지방자치단체의 장이 이를 종합하여 공표하여야 한다.

우리나라의 행정안전부에 해당하는 총무성은 지방공무원제도가 원칙에 입각하여 운영되도록 협력하고 기술적 조언을 할 수 있다. 즉 중앙행정기관은 지방공무원제도를 운영함에 있어서 지방자치단체의 자율성을 최대한 존중해야 하며, 지도·감독관계 보다는 기술적 조언을 하는 대등협력관계임을 지방공무원법에서도 선언하고 있다.

지방자치를 실질적으로 이끌어가는 것은 지방자치단체를 구성하는 기관과 지방자치단체에 속하는 지방공무원의 역량 여하에 달려 있음은 주지의 사실이다. 지방자치단체가 담당하는 사무의 특성에 따라서 지방공무원을 임용, 배치하고 조직관리를 자율적으로 할 수 있도록 제도를 정비해준다면 지방자치의 본질에 가깝게 다가갈 수 있을 것이다.