세무법인 컨설팅 등 적극 대응···과잉과세 시정 이끌어

경주시가 최근 국세청의 부가세 과세 결정에 대해 이의를 제기해 총 38억 원의 예산을 절감했다.

7일 경주시에 따르면 대구지방국세청은 지난해 6월 민간투자(BTO) 방식으로 건립한 후 사업시행자에게 운영권을 부여한 경주시자원회수시설(소각장)에 대해 부가가치세 신고 누락분 30억 7000여만 원을 부과했다.

국세청은 정기감사를 통해 민간투자 방식으로 건립된 경주시자원회수시설에 대해 기부채납의 대가로 사업시행자에게 사업운영권을 부여해 일정기간 동안 무상 사용케 하는 경우 부동산 임대업에 해당된다고 해석한 것이다.

국세청이 부가한 이 과세금액은 자원회수시설 준공 후 기부채납이 이뤄진 2013년 1기부터 2017년 1기 예정신고기간까지의 부가처분으로, 사업운영권이 종료되는 2028년까지 납부할 총 부가가치세는 무려 81억 8000여만 원에 이르렀다.

이에 앞서 시는 천군쓰레기매립장 종료시점이 가시화됨에 따라 쓰레기 대란을 사전에 예방하기 위해 지난 2009년 ㈜경주환경에너지와 자원회수시설 민자투자사업 협약을 맺고 총 투자비용 713억 원에 대한 대가로 2028년까지 15년간의 사업운영권을 부여했다.

시는 당시 생활폐기물처리사업은 면세사업으로 건설 당시 총사업비에서 부가가치세를 제외하고 사업을 추진했으며, 이는 비슷한 시기에 자원회수시설을 추진한 경산, 양산 등 많은 지자체들도 유사한 상황이었다.

반면 국세청 감사에서는 사회기반시설의 민간투자법에 의한 관리운영권 부여는 부동산 임대에 해당된다는 유권해석에 따라 부가가치세를 부과한 것이다.

이에 따라 시는 국세청의 부과처분 즉시 복잡하고 전문적인 부가가치세법 대응을 위해 세무전문법인과 컨설팅 계약을 체결하고 향후 추진방향과 대응전략을 마련하는 등 적극적인 대응에 나섰다.

또한 세무컨설팅과 동시에 사실 확인을 위한 부가가치세 납부기한 연장승인을 신청하고, 고문변호사 자문, 한국환경공단과 주무부처인 기획재정부 질의, 타 지자체 유사 사례 등 관련 자료를 확보하고, 실질적인 절세방안 검토에 들어갔다.

그 결과 대구지방국세청이 부가가치세를 과세함에 있어 총 투자비용(기부채납가액)인 713억 원을 사용수익기간 동안의 임대료 시가로 보아 과세한 점에 주목했다.

이는 실질과세원칙에 부당한 처분으로, 재정지원금을 제외한 민간투자금 389억 원에 대해서만 부과처분을 바라는 조세불복신청(이의신청)을 제기했다.

이에 최근 대구지방국세청은 경주시의 조세불복신청 사유를 인정해 직권시정으로 당초 고지세액인 30억 7000만원에서 14억 원 가량을 감액한 16억 7000만원을 부가가치세 누락분으로 조정했다.

이로 인해 2028년까지 경주시가 납부할 총 부가가치세는 모두 44억6000만 원으로 약 38억 2000만 원의 세수를 절감하게 된 것이다.

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